1.微生物超标
微生物超标就会引起相应的霉菌毒素、菌落总数等指标超标，使辣椒酱发生变质。影响安全。
原因可能是加工用原料受霉菌污染，辣椒里面的水分没有晒干，引起的发霉现象发霉是一种常见的自然现象。也可能是流通环节抽取的样品霉菌和酵母超标，后者为储运条件控制不当导致。
而菌落总数是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。其超标原因可能由于原料、包材或生产加工过程受微生物污染，生产加工过程中手工操作较多，人员、设备和环境的清洗消毒不到位，有灭菌工艺的产品灭菌不彻底等原因造成。
深芬仪器的CSY-ATP菌落总数测试仪可以有效快速的检测菌落总数，适用于食品、饮用水中微生物快速检测、餐具洁净度快速检测、食品加工器具、工作台面、餐饮器具等消毒结果快速检测、医疗环境工作平台即时评估。该设备采用生物化学反应方法检测ATP菌落总数含量。
2.霉菌毒素超标
辣椒酱制作前的干辣椒可能由于储存温度不当或者水分过多，已经发生了霉变，后续没有进行筛选直接进行辣椒酱的制作而引起辣椒酱的霉菌毒素超标问题。
深芬仪器CSY-YG701霉菌毒素快速测试仪能够快速定量检测粮食、饲料、谷物、食用油、调味品等食品中黄曲霉毒素、T2毒素、呕吐毒素、赭曲霉毒素、伏马毒素、玉米赤霉烯酮含量。
3.色素添加
在辣椒的深加工中，为了辣椒的色泽鲜艳美丽，往往会非法添加苏丹红，苏丹红是一种人工合成的偶氮类、油溶性的化工染色剂，主要包括I、II、III和IV四种类型。常作为一种工业染料，被广泛用于如溶剂、油、蜡、汽油的增色以及鞋、地板等增光方面。
深芬仪器CSY-DS8071食品色素测试仪能够快速检测苏丹红、靛蓝、亮蓝、柠檬黄、日落黄、胭脂红、苋菜红、诱惑红、罗丹明B等。快速鉴别辣椒酱中是否含有苏丹红及其含量。
食品的安全问题既是基本的质量要求,关注辣椒酱的食品安全，杜绝安全隐患。