一是工业废弃物污染农田、水源和大气，导致有害物质在农产品中聚积；
二是随着农业产品使用量的增加，一些有害的化学物质残留在农产品中；
三是食品生产、加工过程中，一些化学色素、化学添加剂的不适当使用，使食品中有害物质增加；
四是贮存、加工不当导致的微生物污染。
食品受污染主要有这几方面：
细菌性污染。这是涉及面广、影响大、问题多的一种污染，大部分食品卫生问题是由于生物因素引起的。生物性污染主要的是致病性细菌问题，主要包括沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、肉毒杆菌、大肠杆菌0157、李斯特氏菌等。
真菌毒素污染。真菌广泛存在于自然界中，其产生的毒素致病性强，此外真菌还广泛用于食品工业，新菌种的使用、菌种的变异、已使用的菌种是否产毒等问题，都应引起重视，如黄曲霉可产生黄曲霉毒素，米曲霉可产生３－硝基丙酸、曲酸、圆弧偶氮酸等。
寄生虫。生吃水产品甚至一些其它动物肉类的行为在部分地区较普遍，使人们患寄生虫病的危险性大为增加，部分地区的食物源性寄生虫发病率也逐年增加。
农药污染。随着高效、低毒、低残留农药的研制和一些高毒高残留农药禁止使用，农药在食品中的残留问题也将得到改善，但由于氯类农药的特点，今后一段时间内这类农药的污染问题仍不可忽视。此外，兽药和植物激素在食品中的残留成为食品污染的新焦点。
重金属污染。随着环保意识的提高及对环境污染的控制，重金属污染问题虽然得到逐步改善，但在短时间内使食品中的重金属污染降至先进水平，还需进一步努力。
其它化学物污染。目前，直接应用于食品的化学物质（如食品添加剂）以及间接与食品接触的化学物质（如农药及污染物）日益增多。销售的化学物质已达5万多种，其中食品添加剂估计有上千种。人类长期接触这些化学物质后可能引起的毒性（包括致畸、致癌等）反应。由于材料工业的迅速发展，食品容器、包装材料带来的食品污染问题也应引起重视。
防止食品污染，不仅要注意饮食卫生，还要从各个细节着手．只有这样，才能从根本上解决问题．食品污染的防制措施主要有：
（1）开展卫生宣传教育；
（2）食品生产经营单位要全面贯彻执行食品卫生法律和国家卫生标准；
（3）食品卫生监督机构要加强食品卫生监督，把住食品生产、出厂、出售、出口、进口等卫生质量关；冠宇仪器本着秉承“重合同、守信用、服务、互利双赢”的经营理念为核心，以产品技术创新为依托、保障食品、药品、环境、水质安全为己任 ，同时为食药监系统、农业系统、畜牧系统、渔业系统、食品企业等提供专业的检测产品、技术支持和高效的整体解决方案。
（4）加强农药管理；
（5）灾区要特别加强食品运输，贮存过程中的管理，防止各种食品意外污染事故的发生。