臭豆腐按照工艺可分为发酵和非发酵两种。
发酵的是在豆腐基础上发酵而成，臭味主要来源于微生物如(霉菌或者乳酸菌)发酵蛋白质产生的硫化物、吲哚、部分有臭味儿的氨基酸。
非发酵的臭味则来源于臭卤水。臭卤水主要是以苋菜、芥菜或其他蔬菜为基底，再加上豆腐干所含的蛋白质，因而造成了一个稳定的乳酸菌发酵环境。
现代化生产的“臭卤水”是有微生物和品质监控的，安全性比较有保证。
不过，对于没有卫生意识的小作坊或不法商贩，臭卤水中存在致病微生物，或者偷偷使用违规添加剂调个味儿，也是很有可能的。这些小街摊购买的臭豆腐质量是无法保障的，卫生安全也是不能保证的。臭豆腐的安全性问题主要在于生产过程中的微生物、非法添加物和油。
对豆腐坯、豆腐卤坯以及油炸后的臭豆腐成品的微生物进行了检测，结果表明，豆腐坯、豆腐卤坯中的细菌总数和大肠菌群这两个指标都超过了相关国家标准要求。一般来说，豆腐坯、豆腐卤坯都是在25℃的条件下存放的，在此条件下，微生物的生长十分迅速。高温油炸后的臭豆腐卤坯，其细菌总数和大肠菌群虽都降至食用安全的微生物指标，但在25℃的条件下贮藏，微生物迅速增加，到第二天就会增加至超过国家标准值。所以，臭豆腐要现做现吃，不可存放太久。
如何辨别劣质臭豆腐
1、放臭豆腐的水太黑，是不正常的
这也是“一看二嗅三掰”辨别劣质臭豆腐步，到臭豆腐摊上，要先看放臭豆腐的水是否像墨水一样黑。
2、闻臭豆腐的味道是否刺鼻
闻着刺鼻的臭豆腐，是加入了氨水的，氨水有害人体的健康，还有引起的危险。
3、掰开臭豆腐看里面和外面的色差
如果色差比较大，那说明臭豆腐的质量不好，要谨慎食用。
4、运用深芬仪器生产的食品安全测试仪器系列对臭豆腐的色素、菌落总数、不良添加等多个指标进行检测。判定臭豆腐是的好坏。